机关部门

• 党政办公室
• 党委组织部（含党委党校）
• 党委宣传部（含新闻中心）
• 党委统战部
• 纪委办公室·纪检监察处
• 党委教师工作部·人事处·人才办
• 党委政保部·公安处·保卫处
• 离退休工作部门党委·离退休处
• 职能部门党委
• 本科生院
• 研究生院
• 一流大学建设办·学科建设办
• 学生工作部·武装部
• 科学技术处（乡村振兴办公室）
• 心理健康咨询服务中心
• 社会科学处
• 国际合作与交流处
• 财务管理处
• 资产与实验室管理处
• 审计处
• 基建处
• 校团委
• 校工会（含社区办）

教学科研单位

• 文学院
• 历史与档案学院
• 马克思主义学院
• 民族学与社会学学院
• 政府管理学院
• 工商管理与旅游管理学院
• 经济学院
• 法学院
• 外国语学院
• 新闻学院
• 艺术与设计学院
• 昌新国际艺术学院
• 体育学院（含足球学院）
• 汉语国际教育学院
• 职业与继续教育学院
• 民族政治研究院
• 国际关系研究院
• 高等教育研究院
• 数学与统计学院
• 物理与天文学院
• 化学科学与工程学院
• 地球科学学院
• 生态与环境学院
• 生命科学学院
• 医学院
• 信息学院
• 软件学院
• 建筑与规划学院
• 材料与能源学院
• 古生物研究院
• 生物医药研究院
• 国际河流与生态安全研究院
• 农学院（资源植物研究院）
• 云南生物资源国家重点实验室
• 自然资源药物化学重点实验室
• 天文研究所
• 一带一路研究院
• 西南联合研究生院
• 药学院
• 生物多样性研究院
• 高原湖泊生态与治理研究院
• 西南边疆少数民族研究中心
• 西南跨境生态安全重点实验室

直属附属单位

• 学生就业指导服务中心
• 学生公寓管理中心
• 信息技术中心
• 校友总会
• 图书馆
• 档案馆·党史校史研究室
• 宝威足球官网校史网
• 《思想战线》编辑部
• 文科学报编辑部
• 理科学报编辑部
• 《云南地理环境研究》编辑部
• 出版社
• 后勤服务集团
• 投资管理公司
• 宝威足球官网附属中学
• 教育基金会
• 校医院
• 附属医院